Đội bóng trực thuộc của sở Văn hóa-Thể thao-Du lịch tỉnh từng thi đấu ở giải đấu cao nhất Việt Nam ở thập niên 80, 90. Đội đã tham dự giải vô địch quốc gia ở các mùa giải 1980, 1982-1983, 1984, 1987, 1989, 1990, 1991, 1992, 1993-1994, 1995, 1996, đã có 01 lần vô địch các đội A1 phía Nam, 02 lần hạng nhì ở giải hạng nhất, 02 lần hạng ba ở giải vô địch quốc gia, 03 lần hạng ba Cúp quốc gia và 01 lần đại diện Việt Nam tham dự Cúp C2 châu Á và xuống hạng mùa giải 1997. Và kể từ mùa giải 1998 đội chính thức thi đấu ở giải hạng A1 và bóng đá An Giang bắt đầu thụt lùi. Tiếp đó, khó khăn về nguồn tài chính đã khiến các tuyến đào tạo bị ngắt quãng, manh mún. Năm 2000-2001 Đội đã xuống hạng Nhì cùng với Than Quảng Ninh. Đến năm 2003, An Giang mới lên lại hạng nhất và thành lập được CLB bóng đá quản lý tập trung toàn bộ các tuyến đào tạo. Năm 2005 là bước ngoặt xã hội hóa của bóng đá An Giang khi có sự tham gia tài trợ của doanh nghiệp. Năm 2008, 2009 đội được sự tài trợ của tập đoàn An Đô Group. Ngày 6 tháng 12 năm 2011, đội chuyển sang mô hình chuyên nghiệp với đơn vị chủ quản là Công ty Cổ phần Bóng đá Hùng Vương An Giang với cổ đông chính là Tập đoàn hải sản Hùng Vương. Sau 16 năm thi đấu ở giải hạng Nhất (1997 – 2013), mùa giải năm 2013 đội bóng đá An Giang đã thi đấu thành công đạt thứ hạng ba, chính thức lên hạng thi đấu ở Giải bóng đá Vô địch quốc gia mùa bóng năm 2014.Tuy nhiên, tại mùa giải 2014, đội bóng không thể trụ hạng. Sau mùa giải này, đội bóng chuyên nghiệp bị giải thể do Tập đoàn hải sản Hùng Vương không thực hiện đúng thỏa thuận.[1]

Phiên hiệu đội bóng An Giang được trả về cho Trung tâm Bóng đá An Giang. Đội bóng đá An Giang được tái tổ chức lại vào năm 2015, khi đó Câu lạc bộ bắt đầu từ giải Hạng ba. Ở mùa giải đó, Câu lạc bộ đã thắng trận play-off cuối cùng trước PVF sau loạt sút luân lưu vào ngày 10 tháng 12 năm 2015 trên Sân vận động Tự Do để giành quyền lên hạng. Sau 3 năm chơi tại Giải Hạng Nhì, mùa giải 2018 An Giang đã giành suất thăng hạng tại Giải bóng đá hạng nhất quốc gia 2019.[2]